Program Studi ini baru berdiri pada tahun 2017 dengan keluarnya Surat Keputusan Pendirian dari Kementerian Agama RI tahun 2017. Saat ini Prodi Sosiologi Agama menjadi salah satu dari empat program studi yang berada di bawah naungan Fakultas Ilmu Sosial di UIN-SU. Fakultas Ilmu Sosial (FIS) sendiri juga merupakan fakultas termuda di lingkungan UIN-SU. FIS didirikan pada September 2015, dengan diterbit-kannya PMA RI No. 55 Tahun 2015. Selanjutnya, menindaklanjuti surat tersebut, Rektor UIN-SU memindahkan Program Ilmu Perpustakaan (IP) dan Ilmu Komunikasi (IKom) yang sudah berdiri sebelumnya ke Fakultas Ilmu Sosial sebagai embrio awal. Tahun 2016 kemudian keluar Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor. 901 Tahun 2016 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Sejarah dan Kebudayaan Islam (SPI) Pada Program Sarjana
Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan.
Tahun 2017, Program Studi Sosiologi Agama kemudian menyusul tiga prodi yang telah dibuka, tepatnya pada bulan Februari 2017. Sehingga saat ini Fakultas Ilmu Sosial memiliki empat program studi yaitu Ilmu Perpustakaan (IP), Sejarah dan Kebudayaan Islam (SPI), Ilmu Komunikasi (IKom) dan Sosiologi Agama (SA). Program Studi Sosiologi Agama kemudian dengan ditandatanganinya SK tersebut dengan nomor 811 tahun 2017 pada tanggal 08 Februari 2017 oleh Kamaruddin Amin selaku Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama RI. Maka terhitung sejak September 2017 Program Studi Sosiologi Agama secara resmi mulai berjalan berdasarkan SK izin operasional nomor 235 tahun 2017 yang terbit pada tanggal 07 September 2017